Program Studi Perbankan Syariah adalah prodi ke-2 yang dibuka bersamaan dengan terbentuknya Fakultas Ekonomi dan Bisnis IAIN Manado. Menerima mahasiswa baru pertama kali pada tahun Akademik 2015-2016. Program Studi Perbankan Syariah berpredikat Akreditasi B oleh BAN-PT dengan Nomor Sertifikat: 2475/SK/BAN-PT/Akred/IX/2018, yang berlaku sampai 4 September 2023.
Perbankan Syariah diketuai oleh Hj. Nur Fitry Latief, SE, Ak, MSA, CA., Masa Jabatan 2015-2019; Ramli S, S.Ag., M.H., M.Phil., Masa Jabatan 2019-2023. Selanjutnya Kaprodi Perbankan Syariah yaitu Nur Shadiq Sandimula, M.E dan Sekreprodi Perbankan Syariah Muhammad Azhar Mushlihin, MM.
Perbankan Syariah telah menamatkan alumni pertama sebanyak sembilan orang, yang diwisuda pada tanggal 7 Juli 2020. Selanjutnya Prodi PS telah menamatkan sebanyak 15 orang yang diwisuda pada tahun 2022.
